Mustafa Kemal bu süreçte silah arkadaşları; Rauf, Fethi, İsmail Canbulat, Ali Fuat, İsmet, Kazım Karabekir başta olmak üzere ve pek çok kişiyle daha günlerce ülkeyi nasıl kurtarabiliriz diye kafa yordu. Bu süreçte ülkenin her tarafında da kaos vardı, işgaller durmamıştı ve halk tepki göstermeye başlamıştı. Yurdun dört bir yanında halk cemiyetleri kurulmuştu ve bölgesel toplanmalar başlamıştı. 19 Aralık 1918’de Hatay’da ilk kurşun sıkıldı. Rumlar ve Ermeniler de isyanlara başlamıştı. 21 Nisan 1919’da halkın ayaklanmasının, kendilerini sekteye uğratmasından rahatsızlık duyan İngilizler, bu hareketlere müdahale edilmezse kendilerinin zor kullanacağını söyleyerek devleti tehdit ettiler. İngilizlerin amacı Anadolu’da bir Ermeni ve Pontus devleti kurmaktı. Bu tehdit mektubu üzerine bu işle ilgilenmesi için Mustafa Kemal’i görevlendirmeyi düşündü. Bazı görüşmeler ardından dönemin savaş bakanı Şakir Paşa, Mustafa Kemal’i 9. Ordu Müfettişliği için Samsun’a yollamak amacıyla padişaha bir izin mektubu gönderdi. Nihayet 30 Nisan’da Sultan Vahdettin, Mustafa Kemal’in Samsun’a olan yolculuğunu onayladı.
5 Mayıs’ta Mustafa Kemal’in yeni tayini resmi gazetede yayınlandı. 15 Mayıs 1919’da Yunan askerleri İzmir’i işgal ederek fitili ateşledi. Tüm Anadolu ayağa kalktı, her yerden protesto telgrafları çekildi, Ege’deki subaylar silahlandı. Yunanların İzmir’e ayak basması Türklerin damarına basmıştı. Bu itilaf devletlerinin yapabileceği en büyük hataydı, çünkü Türkler sonunda uyanmıştı. 16 Mayıs 1919 tarihinde İstanbul’dan kalkan kaptan İsmail Hakkı Bey idaresindeki Bandırma vapuru 19 Mayıs’ta Samsun’a ulaştı.
Milli Mücadele başladı
Mustafa Kemal Paşa’nın, 19 Mayıs 1919’da Bandırma Vapuru ile Samsun’a ulaşması Türk Kurtuluş Savaşı’nın başlangıcı oldu. Bir hafta kadar Samsun’da kalan ve oradaki Rum çeteleri ile mücadele eden milli yapıları düzenleyen Mustafa Kemal ardından Havza’ya ve sonrasında da Amasya’ya geçti. 22 Haziran 1919’da Amasya Genelgesi yayınlandı. Genelgede, ülkenin işgalden kurtarılması için halkın bir araya gelmesi çağrısı yapılıyordu. Amasya Genelgesi’nin ardından, Atatürk Erzurum ve Sivas kongrelerini topladı. Bu kongrelerde, Milli Mücadele’nin ilkeleri belirlendi. 1920 yılında Ankara’da Türkiye Büyük Millet Meclisi açıldı. Meclis, Türk halkının egemenliğini temsil eden en yüksek organdı. Mustafa Kemal Paşa, Meclis’in ilk başkanı seçildi.
Yunanistan ile savaş