2001-02 sezonunun 2. yarısından itibaren Fenerbahçe'de görev yapmaya başlayan Özen, 12 Mart 2003 tarihinden, 19 Haziran 2009'e kadar Fenerbahçe A2 ve Fenerbahçe takımında antrenörlük yaptı. Oğuz Çetin‘in izleme ekibinde göreve başlayan Özen, daha sonra A lisansı alarak Daum, Zico ve Aragones’in yardımcı antrenör ekibinde görev yaptı.