Hakan Şükür'ün ismi 26 Mart 2017’de, Uşak Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen soruşturma kapsamında hazırlanan, FETÖ elebaşı Gülen'in bir numaralı sanık olarak yer aldığı ve Uşak 2. Ağır Mahkemesi'nde görülen 24'ü tutuklu 111 sanıklı davanın iddianamesinde yer aldı.
GALATASARAY'DAN İHRAÇ EDİLDİ
Bu tarihten iki gün sonra 28 Mart 2017’de dönemin Galatasaray Kulübü Başkanı Dursun Özbek, yönetim kurulunun eski futbolcular Arif Erdem ve Şükür'ü, kulüpten ihraç ettiklerini açıkladı.
Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi de 2012'de Hakan Şükür'e verdiği fahri doktora unvanını Haziran 2017’de geri aldı.