1995 yılında çıkardığı "Ben Daha Büyümedim" adlı albümü ile de iyi bir satış grafiği yakaladı. Bir sonraki albümü "Kurtlar Sofrası"nın ardından kendisine gelen televizyon dizileri için oyunculuk tekliflerini değerlendirdi. 1998 yılında yine Selçuk Tekay prodüktörlüğünde çıkardığı albümü "Sen Allah'ın Bir Lütfusun" ile de önemli satış rakamlarına ulaştı. 1999 yılında çıkardığı "Dön Ne Olur" adlı albümünün tanıtımı sırasında, basın mensupları karşısında 1 Aralık 1999 günü beyin kanaması geçirdi. Bu olay üzerine uzunca bir süre hayranlarından uzak kalan Gündeş'in bu albümü de 1 milyondan fazla satıldı. Ebru Gündeş, uzun bir süre dinlenme döneminin ardından, 11 Mart 2000 gecesi Bostancı Gösteri Merkezi´nde ilk konserini verdi. Bu konserin tüm gelirini Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Vakfı Hastanesi Reanimasyon Kliniği´ne bağışladı.
Popstar Alaturka adlı yarışmada da jüri üyeliği yapmıştır. 2001 yılında çıkardığı yedinci; 'Ahdım Olsun' isimli albümünde Türkiye'nin en iyi söz yazarları, bestecileri ve aranjörleriyle çalışan Ebru Gündeş albüm kalitesi ve tirajıyla müzik piyasasının gündemine oturmayı yine başarmıştı. 2003 yılında ise "Şahane" albümü sevenleriyle buluştu. Sekizinci albümüyle bugüne kadar elde ettiği başarıyı ve satış grafiğini yakaladı. 2004 yılında dokuzuncu albümü 'Bize de Bu Yakışır' ile sevenleriyle buluşur. 2006 yılının Aralık ayında çıkan onuncu albümü 'Kaçak' ile müzik marketlerdeki yerini aldı, kariyerinin en güzel ve verimli günlerini yaşadığını söyleyerek son hız çalışmalarına devam etti. 2008 yılında 12 Ekim de "EVET" ismini verdiği albümünü sevenleriyle buluşturan sanatçı Kızıl Mavi, Ölümsüz Aşklar, Harika gibi birçok şarkısı yine dillerden düşmezken yeni albümünün çalışmalarına başladı.
2011 yılında Müzik Yönetmenliğini Taşkın Sabah'ın yaptığı ; Ayla Çelik , Ersay Üner, Gökhan Tepe, Serdar Ortaç, Sinan Akçıl, Şebnem Sungur, Zeynep Talu ve Sezen Aksu’nun değerli eserlerinden oluşan " BEYAZ " adlı albümü müzik marketlerdeki yerini aldı. 2013-2014-2015 yılları arasında O Ses Türkiye adlı yarışmada jüri üyeliği yaptı.
2016 yılında ailevi sorunları nedeniyle dinlenmek istedi. "O Ses Türkiye" yarışması jüriliğini kendi isteğiyle bıraktı.