Karpuz, sindirim sistemi sağlığı için faydalı olan lifler açısından da zengindir. Lifler sindirim sürecini düzenler, kabızlığı önler ve sindirim sistemi sağlığını destekler.
Ancak, karpuzun aşırı tüketimi bazı insanlar için sindirim sorunlarına veya kan şekeri seviyelerinde ani yükselmelere neden olabilir. Bu nedenle, herhangi bir gıda maddesinde olduğu gibi, karpuzun da dengeli bir şekilde tüketilmesi önemlidir.