Tarihçi Reşad Ekrem Koçu, ‘Tarihimizde Garip Vakalar’ adlı kitabında “III. Murad’ın muhtelif cariyelerden, oğlan ve kız yüz iki çocuğu oldu. Ölümünde bunlardan yirmi erkek evladı hayattaydı. En büyük şehzade Mehmed, padişah oldu ve padişah olur olmaz, öbür on dokuz kardeşini idam ettirdi. Bunlardan Mustafa ve Bayezid 17-18 yaşlarında, Osman ve Abdullah 13-15 yaşlarında, geri kalan on beşi de henüz meme çocuğuydular, analarının bağrından feryat figan içinde alınarak cellada verildiler. Bu vakalar, Osmanlı Hanedanı tarihinin en korkunç cinayetlerindendir” diyor…
Aynı dönemin büyük seyyahı Evliya Çelebi, on dokuz şehzadenin öldürülüşünü şöyle anlatıyor: “Murad Han’ın ölümü sırasında hünkarlık yasası gereği on dokuz şehzadeyi bir seferde şehit ettiler. Hatta biri o kadar küçükmüş ki kestane yerken cellat öldürmeye gelince şehzade ‘Katlan kestanemi yiyeyim sonra boğ’ der. Acımasız cellat şehzadeyi hemen oracıkta şehit eder. Birini de şehit etmeye gelip annesinin kucağından alır, bir bucakta boğazdan boğarken annesinin sütü burnundan, ruhu ağzından çıkıp ruhunu teslim eder.”
III. Mehmed’in yirmi kız kardeşini de aynı gece öldürdüğü iddia edilir. III. Mehmed, bu işi dokuz cellata yaptırdı. Daha sonra dokuz cellat da kendi kementleriyle öldürüldü. Ertesi gün on dokuz şehzadenin cenazesinin saraydan çıkışı halkta büyük tepkiye yol açtı. Muhtemelen bu olay, daha önce bu ölçüde görülmemiş uygulamanın sona erdirilmesinin kapılarını da araladı. Katledilen şehzadelerin anneleri, iki yüzden fazla dadı ve cariye Eski Saray’a nakledildi. III. Murad devrinde sarayı dolduran ve devlet işlerine karışan cüceler, dilsizler ve diğer eğlence erbabı da saraydan sürüldü. Bu kıyımın padişahta ruhsal yaralar açtığı ve kendisini dengesizleştirdiği tarihi kaynaklarda söz edilir.
III. Mehmed, dedikodu ve falcıların etkisi ile önce eşi Halime Sultan ve otuz adamını çuvallara doldurtup canlı canlı denize attırır, birkaç gün sonra da oğlu Mahmud’u cellatlara boğdurtur. Cenazeyi gizli kaldırmak için tabutun üzerine şal sererek kadın cenazesi gibi defin edildiği rivayet edilir. Bu olayın üzerine III. Mehmed’in oğlu Şehzade Yahya, annesi tarafından saraydan kaçırılır ve bir manastıra verilip vaftiz edilir. Çocuğun annesi, kendi kardeşlerini ve çocuğunu gözünü kırpmadan öldürten hükümdardan korktuğu için çocuğunu kaçırır.
III. Mehmed’in oğlu Şehzade Mahmud, atak bir yapıya sahiptir. Ordunun başına geçerek Celali İsyanları’nı tek seferde bastırabileceğini umuyordu. Babasından sürekli olarak ordunun başına geçmeyi talep ediyordu. Bu talepler, iktidarını paylaşmak istemeyen hünkarın pek hoşuna gitmedi. Ancak esas sorun şehzadenin gözden düşen anasının bir kahine gidip oğlunun ne zaman padişah olacağını (bir başka deyişle hünkarın ne zaman öleceğini) sorması ile başlar.
Falcı üç vakte kadar şehzadenin tahta geçeceğini müjdeler. Bu olay padişahın kulağına gider. Bu işin sonunda falcı, valide ve genç şehzade öldürülür. İşin ilginç yanı bu olaydan üç ay sonra padişah ölür. Yani falcı bir bakıma doğru söylemiştir; şayet annesi az daha dişini sıksaydı, başa Sultan Ahmed değil, Şehzade Mahmud geçecekti.
28 yaşında tahta çıkan III. Mehmed, 37 yaşında vefat etti. Yerine geçen oğlu I. Ahmed, babasının cenaze namazını kılmadı ve 214 yıl süren kardeş katli yasasını kaldırdı. III. Mehmed, saltanatından sonra da sevilmeyen bir padişahtır. 35. Osmanlı Sultanı V. Mehmed Reşad, tahta cülus ettiğinde tüm atalarının mezarını ziyaret etti fakat Ayasofya avlusundaki III. Mehmed’in türbesine girmedi. Sultan Reşad’ın “Ben, bebek katilinin huzuruna çıkmam” dediği bilinir.