Birçok kişi kefiri yoğurttan ya da sütten daha faydalı buluyor, çünkü kefirin içeriğindeki bakteriler ve mayalar sindirim sistemini iyileştirmekle kalmaz, bağışıklık sistemini de güçlendirir. Sürekli olarak kefir tüketen kişilerde, daha güçlü bir bağışıklık sistemi, daha sağlıklı sindirim sistemi ve daha güçlü kemikler gözlemlenmiştir. Ayrıca, kefir, içeriğindeki düşük laktoz seviyesi sayesinde, laktoz intoleransı olan kişiler için de mükemmel bir alternatif sunar.