Doktor ve ilaçlarla başı hiçbir zaman hoş olmayan Atatürk’ten, ufak tefek rahatsızlıklar için şikayet beklemek pek doğru değildir. Atatürk’ün rahatsızlığının ilk delilleri burun kanaması ve vücudunun çeşitli yerlerindeki kaşıntılardı. Burun kanamaları o kadar şiddetli ve vahim değildi. Ancak kaşıntılar her türlü tedbire rağmen bir türlü geçmiyordu. Buruna pamuk koymak, kaşıntılara ilaç sürmek gibi önlemlerle belirtiler önlenmeye çalışıldı. Atatürk’ün sağlığı ile değişikliklerin 1936’dan itibaren başladığına dikkati çeken yakınları Atatürk’te baş gösteren alerji ve kaşıntıyı Çankaya Köşkü’nde rastlanan bir çeşit karıncaya bağladılar.
Bu nedenle Çankaya Köşkü’ndeki haşerat ve karıncalar temizlendi ancak Atatürk’ün rahatsızlığı yine geçmedi. Atatürk’te baş gösteren belirtiler, karaciğer yetmezliğine bağlanmak yerine köşkteki küçük kırmızı karıncalara bağlanmıştı. İşte, hastalığın başlangıcında yapılan ilk önemli hata buydu! Falih Rıfkı Atay, yetersiz önlemler konusunda “Bilhassa 1937’den sonra sinirlerini güç tuttuğunu hissederdik. Asabı gittikçe bozuluyordu. Daima yanında bulunan hekimlerinin neden buna dikkat etmediklerini ve hepsini pek basit birer sebebe bağlayarak geçiştirdiklerini hâlâ anlayamıyorum” diyor. Kaşıntılar artmış ve kanamalar başlamıştı.
Atatürk, buna rağmen çalışıyordu. Dr. Asım Arar, Balkan ülkeleri dışişleri bakanlarına verilen akşam yemeğinde İçişleri Bakanı Şükrü Kaya’ya endişesini şu cümlelerle dile getiriyor: “Size önemli bir devlet işinden ve büyük bir tehlikeden söz edeceğim. Atatürk hasta hem de ağır hasta.” Şükrü Kaya, doktorun sözlerini derhal Başbakan Celal Bayar’a iletti ve Avrupa’dan bir hekim getirilmesini tavsiye etti. Bayar durumu Atatürk’e anlatınca, Avrupa’dan hekim getirmeye gerek olmadığını, Türk hekimlerinden bir danışma kurulunun yeterli olacağı yanıtını aldı. Bu sırada hafıza zayıflıkları başladı, bunu sık burun kanamaları takip etmeye başladı.
6 Mart günü Çankaya’da Atatürk’ü muayene eden altı Türk hekimi, ayak bileklerinde hafif bir ödem, karaciğerde büyüme tespit ettiler. Hastalığın siroz başlangıcı olduğunda hemfikir oldular ve raporu imzalayıp doktor Dr. Asım Arar’a ilettiler. Atatürk’e ilk doğru teşhisi koyan ve bunu açıklayan Dr. Nihad Reşad Belger’dir. Atatürk, gerekli görmemesine rağmen Paris Tıp Fakültesi’nden Prof. Fissinger, mart ayı sonunda gelerek Atatürk’ü muayene etti. Fissinger, Atatürk’e şu tavsiyelerde bulundu:
“Siz büyük bir komutan olabilirsiniz, büyük zaferler kazanabilirsiniz. Ama bu işin komutanı benim. Tayin edeceğim zamana kadar alkol yok. Uzanıp dinlenecek ve tavsiyelerimi yerine getireceksiniz.” Atatürk, ilk haftalar doktorun söylediklerini yerine getirdi. Ancak aklında hep Hatay meselesi vardı. Gerekirse savaşı bile göze alacağını söylüyor ve Mersin’de ordunun geçit resmi yapmasını istiyordu. Daha sonra Mersin’den Adana’ya geçti. Törenleri saatlerce ayakta izledi ve 6 Mayıs’ta İstanbul’a döndü. Doktorun söylediklerinin tam tersini yaptı, çok yoruldu. Kısa mesafelerde yürürken bile zorlanmaya başladı, 5-10 basamak merdiveni güçlükle ve dinlenerek çıkıyordu. Atatürk, 1938 yılının haziran ayını Savarona’da geçirdi. 5 Temmuz’a kadar Savarona’da kaldı ve ülkeyi hasta yatağından idare etti. 4 Temmuz 1938’de Hatay Antlaşması’nın yürürlüğe girmesi Atatürk’ü çok sevindirdi ve moralini düzeltti.
Ekim ayı ortalarında durumu fena değildi. Fakat, çok arzuladığı halde Ankara’ya gidip Cumhuriyet’in 15. yıl dönümü törenlerine katılamadı. Zaman geçti, hastalık kötüye gitti. Prof. Fissinger, haziranda yeniden Türkiye’ye geldi ve bütün ihtimama rağmen Atatürk’ün en fazla iki yıl yaşama ihtimali olduğunu söyledi. Atatürk, Savarona’dan Dolmabahçe’ye geçişin akşam olmasında ısrar etti, kimsenin onu hasta olarak görmesini istemiyordu. Sonraki günlerde bazen rahatlama belirtileri gösterse de arada kendini kaybediyordu. Atatürk’ün hastalığı kasım başında şiddetlendi. 8 Kasım’da sağlığıyla ilgili raporlar yayımlanmaya başlandı.