Edebiyat dünyasından Yahya Kemal Beyatlı, Necip Fazıl Kısakürek gibi önemli isimlerin bir arada ağırlandığı bir aile ortamında büyüdü. Daha sonraki yıllarda ağabeyleri Bedri Rahmi Eyüboğlu ve Sabahattin Eyüboğlu vasıtasıyla bu entelektüel ortam ile ilişkilerini sürdürdü. Cevat Şakir, Azra Erhat, Orhan Veli, Nâzım Hikmet, Yaşar Kemal, Âşık Veysel, Ruhi Su, Mîna Urgan gibi dönemin sanat ve edebiyat çevresinden kişileri yakından tanıma imkanı buldu. Üniversite eğitimini Devlet Güzel Sanatlar Akademisi’nin mimarlık bölümünde tamamladı ve 1942 yılında mezun oldu. O yıl mezun olan dört kadın mimardan biridir.
Eşi Alman Türkolog Dr. Robert Anhegger’dir. Köy Enstitüleri programında mimar, öğretmen olarak çalıştı. 1942- 1947 yılları arasında toplamda 21 Köy Enstitüsü’nün kuruluşuna katıldı. Topkapı Sarayı Harem Dairesi başta olmak üzere çok sayıda tarihi eserin restorasyonunu yaptı.
Köy Enstitüleri’nde göreve başlama öyküsünü şöyle anlatıyor: “Akademi’den yüksek mimar olarak yeni mezun olmuşum. Annemden izin alıp bir haftalığına Sabahattin ağabeyimi ziyarete Ankara’ya gidiyorum. Hiç unutmam bir cumartesi günüydü. Ağabeyim daha Ankara’ya varır varmaz, o gün İsmail Hakkı Tonguç’la tanıştırıyor beni. O da o an tayinimi yapıyor Hasanoğlan Yüksek Köy Enstitüsü’ne. Yapı Kolu Başkanı olarak. Ailem şaşırdı bu duruma, böyle apar topar ama izin verdiler işte. Sonradan çok tenkit edilmişler akrabalar tarafından, ‘Nasıl yollarsınız bu gencecik kızı oralara!’ falan diye. Babam çok memnundu, köylerde çalışacağım, memlekete hizmet edeceğim diye. Eh annem de her zaman ‘aman uşaklarım elinizden geldiği kadar köylücükleri okutun!’ diyerek büyütmüş bizleri. Sabahattin ağabeyim de Ankara’da bu projeye gönül vermişlerin başlarında geliyor. Babam da peki deyiveriyor işte…”
Hasanoğlan Yüksek Köy Enstitüsü’nde eğitmenlik görevi de yaptı. Mimarlık bilgisi, zirai yapıcılık, teknik resim, iç süslemeciliği, sanat ve uygarlık tarihi, işlik ve seminer çalışmaları derslerini verdi. Bu derslerin bir kısmı teorik iken bir kısmı uygulamalı olarak gerçekleştiriliyordu. Öğrencilerin burada öğrendikleri bilgileri köylerine döndüklerinde uygulayabilmeleri hedefleniyordu.
Enstitüde öğretmenlik yaparken kendisinin de pek çok şey öğrendiğini şöyle dile getirir: “Şimdi ben mimarlıktan mezun olduğumda kerpiç nedir, çimento nasıl karılır görmemiştim ki hiç. Orada uygulama sırasında öğrendim her şeyi. Yanımda iki Macar usta çalışırdı, gerisi öğrenciydi. Bir yandan öğrencilere proje okuma ve uygulama dersi verirken, bir yandan da öğrencilerle kendi köylerinde içinde yaşadıkları binaların atölyelerini yaptırmaya çalışıyordum. Onlar benden çizim ve okuma teknikleri öğrenirken, ben de onlardan Anadolu’nun değişik yörelerindeki yaşam koşullarının belirlediği mimari hacimleri, malzemeleri öğreniyordum.”
Köy Enstitüleri’ndeki görevi sadece Hasanoğlan’dan ibaret değildi. Diğer köy enstitülerindeki faaliyetlerini de şöyle anlatır: “Kurulu olanların eksik binalarının projelerini çizer, çocuklara verip ayrılırdım oradan. Planların tatbikatında güçlük çekiliyorsa, o zaman biraz daha uzun kalıp nasıl tatbik edileceğini gösterirdim. Birkaç gece bu enstitülerin misafirhanesinde kaldıktan sonra, yine Hasanoğlan’a dönerdim.”
Ortaklar Köy Ensitüsü’nde görevli iken geçirdiği zehirli sıtma dolayısıyla köy enstitülerindeki görevini bıraktı ve Devlet Güzel Sanatlar Akademisi’nde asistan olarak çalışmaya başladı. Mualla Eyüboğlu Anhegger, köy enstitüleri kapatıldığında duygularını şu şekilde anlatıyor: “10 yılda 50 bin köye ilkokul yapıldı. Devlete hiç yük olmadan hakiki bir eğitim seferberliği yaşadı. Eşraf malzeme verdi, öğrenci ve öğretmen emeğini koydu. Çok yazık oldu, çok kötülükler yaptılar bu memlekete. İnsan hakikatleri bilince kırılıyor ister istemez. Köy enstitüleri yüzünden adımızı komüniste çıkardılar. Mevlevi şeyhleriyle dostluğumuzdan dolayı gericiye. Her boyaya boyandık anlayacağın. Hepsine de gülüp geçtik…”